A menedékkérők gyakran szenvedő alanyai az anyaországukban őket ért traumáknak, és sokan a Magyarországig tartó útjuk során is gyötrelmes tapasztalatokon mennek keresztül. A MigSzol szerint a bebörtönzés hatásai sokkal súlyosabban jelentkeznek azoknál az embereknél, akik hosszabb ideje súlyos pszichológiai nyomás alatt állnak, és bár semmilyen bűncselekményt nem követtek el, újonnan megérkezve Magyarországra mégis elzárásra ítéltetnek.
Először is, mivel a börtönkörülmények rendkívül fenyegetőek, néhány rab a különösen kemény, vagány viselkedést választja, hogy elkerülje az áldozattá válást. Minél fiatalabb a bebörtönzött, annál nagyobb a valószínűsége, hogy agresszív elkerülési stratégiát választ a saját védelme érdekében. Nagyon sok fogvatartott úgy érzi, hogy el kell nyomniuk a nyílt érzelmi reakciókat, hogy ne tűnjenek sebezhetőnek – amely miatt kihasználhatóvá vagy bántalmazottá válhatnának. Hosszabb távon ez érzelmi elsivárosodáshoz vezethet, és az egészséges szociális interakciók hiánya krónikussá válik.
A pszichológiai hatások ezen kombinációi különösen ártalmasak a menedékkérők számára, akik gyakran érkeznek traumatizáltan, és nincsenek megfelelően tájékoztatva a bebörtönzésük okáról. Az információ hiánya és a körülmények könnyen a teljes védtelenség állapotába taszítják őket. Gyakran nem értik, hogyan működik a rendszer, mik a bebörtönzésük okai és nem tudják, meddig tart az elzárásuk. Ez oda vezet, hogy elveszítik a hitüket az igazságban és a világban, és az akut stressz állapotába kerülnek.
Másodsorban, mivel nincs kontrolljuk a napi rutinjuk felett, úgy érezhetik, hogy nem kezelik őket felnőttként. A menekültügyi őrizetben a menedékkérők nem főzhetnek, nem dönthetnek arról, mikor akarnak mosni magukra, nem alakíthatják ki az olyan egyszerű tevékenységek rutinjait, amelyekre a szabadon élő emberek sokszor nem is gondolnának, pl. nem tarthatnak maguknál borotvapengét vagy mobiltelefont. Érthető, hogy emiatt a rabok önbecsülése lecsökken, és akár oda is vezethet, hogy ők maguk is úgy hiszik, megérdemlik, hogy alacsonyabb rendűként kezeljék és stigmatizálják őket.
A kényszereken alapuló rendszer azt is okozhatja, hogy elveszítjük az önálló cselekvés vagy az önkontroll gyakorlásának képességét. Ez gyakran vezet önkárosító magatartásformákhoz, és tanulmányok is mutatják, hogy amikor a napi szükségletek kielégítése nehezen lehetséges, az emberek könnyebben megadják magukat az íratlan (és törvénytelen) belső börtön-szabályoknak. Ráadásul, a szexuális energiák normális levezetésének hiánya különösen nehéz a fiatalabb férfiaknak, akiknél negatív hormonális, neurológiai és pszichológiai változások jelentkezhetnek.
A harmadik kiemelkedő hatás a börtönben szintén a napi szinten megtapasztalt, saját életünk feletti kontroll hiányából fakad. A rabok a napi rutin szempontjából teljes mértékben a börtönre, mint intézményre vannak hagyatkozva, és ez nagyban akadályozza a szabadon bocsátás utáni integrációt. Különösen igaz ez akkor, ha a bebörtönzöttnek nincsenek szorosabb személyes kapcsolatai, akikhez a szabadulása után fordulhat. A menekültügyi őrizetben tartás nagy valószínűséggel vezet hosszan tartó belső, lelki káoszhoz, aggódáshoz és stresszhez. Az esetek többségében a menedékkérők elveszítették a szeretteiket, és csak nagyon keveseknek van ép, személyes baráti/rokoni köre, akik támogatnák, miután Magyarországra érkezett.
Azok, akiket nyitott menekülttáborban helyeztek el, szabadon mehetnek vásárolni, beülhetnek egy kávézóba, valamilyen szinten részt vehetnek a társadalomban, ahol feltételezhetően biztonságban érezhetnék magukat. Azoknak viszont, akiket börtönbe zárva menekkültügyi-őrizetben tartanak, napi szinten kell megküzdeniük azért, hogy a fizikai és lelki állapotuk minél kevésbé sérüljön. A nyers valóság különösen kegyetlen a debreceni táborban. A menekültügyi őrizetbe helyezetteket a nyitott tábor közepén tartják fogva, a bebörtönzöttek így a rácsos ablakokon keresztül szemlélik, ahogy társaik élik a napi életüket a nyitott tábor területén. Valamennyi hozzáférésük van szociális munkásokhoz, de a nyelvi, kommunikációs problémák nehézséget okoznak, és a fogva tartott menedékkérők igen kevés pszicho-szociális támogatás kapnak.
Általánosságban véve, a menekültügyi-őrizetben tartottak a stresszt gyógyszerek sgítségével próbálják elviselhetővé tenni, leggyakrabban a Rivotril nevű nyugtató szedésével. Ennek a nyugtatónak a szedése javallott lehet, ha szakorvos írja fel és csak egy megszabott ideig adják. Azonban ha nem megfelelően felügyelik a szedését, és valaki többet is bevehet, az bárkit erőszakossá tehet és hosszú távon komoly függőséget okoz. A csak nagyon korlátozottan elérhető pszichológiai segítségnyújtás mellett probléma a fenti függőséget kezelő program hiánya is.
A MigSzol szerint az a minimum, hogy egy állam, ahol menedékkérőket zárnak börtönbe, köteles legyen pszichológiai segítséget biztosítani. Az elzárás – amely gyakran követ múltbeli, traumatikus tapasztalatokat, mint pl. politikai elítéltek bebörtönzését és kínzását – előhívja és felerősíti a múltbeli szörnyűságeket.
A menekültügyi őrizet alkalmazásával a magyar állam megsebzi és elidegeníti az újonnan érkező menedékkérőket, súlyosan megnehezíti a menekült-státuszt kapottak helyzetét és az életük újrakezdését. Mindezzel egyidőben pedig azok, akik, bár menedéket reméltek, de megtagadták tőlük az itt tartózkodást, sokkal traumatizáltabban hagyják el az országot, mint amikor megérkeztek.